Кіото розташоване на території Кіотської западини та гір, що її оточують. Ця западина є поздовжнім грабеном, витягнутим з півночі на південь. Западина є частиною депресивної території району Внутрішнього Японського моря, що утворилася наприкінці третинного періоду. Розломи навколишніх гір слугують межами міста. На північному сході западини пролягає гірська гряда Хіей. Її найвищою вершиною є пік Сімей (848 м). На південь від гряди лежать гора Ньої та пагорби Хіґашіяма. На південному сході Кіотської западини лежать гори Дайґо, які є межею з містом Оцу. Північну частину Кіото займають гори Кітаяма, висота яких коливається в межах 500—700 м. Їхньою найвищою вершиною є гора Атаґо (924 м) на північному заході. У західній частині міста пролягають гори Нісіяма, що відділяють Кіото від міста Камеока.
